株式交換の比率が不当であることを理由に、株主がその株式交換を事前に差し止めることは、法律上は可能ですが、実際には極めて困難です。
裁判所が企業の経営判断に介入することに非常に慎重であり、株主には差止請求以外の救済手段が用意されているためです。以下にその理由と、より現実的な対抗手段を解説します。

1. 事前差止請求が認められる法的根拠と高いハードル

株主は、株式交換によって不利益を受けるおそれがある場合、会社に対してその株式交換をやめるよう請求できます（会社法第784条の2、第796条の2）。
この差止が認められるのは、主に以下のいずれかの場合です。
法令・定款違反がある場合
株式交換の対価（株式交換比率など）が、当事会社の財産の状況その他の事情に照らして「著しく不当」である場合

「著しく不当」の壁

この「著しく不当」という要件は、単に「比率が少し低い」「算定方法に疑問がある」といったレベルでは認められません。過去の判例から、これは「算定の前提となった事実に誤りがある、または算定方法が一般的に不合理であるなど、取締役の裁量の範囲を逸脱するほどに不公正な場合」を指すと解されています。
会社側が第三者算定機関（証券会社や会計事務所など）から取得した算定書（フェアネス・オピニオン）に基づいて比率を決定している場合、その算定プロセス自体に重大な瑕疵がない限り、裁判所が「著しく不当」と判断することは極めて稀です。

2. 事前差止が困難な最大の理由：他の救済手段の存在

裁判所が事前差止に消極的な最大の理由は、不満を持つ株主に「株式買取請求権」という、より直接的かつ現実的な救済手段が用意されているからです。

株式買取請求権とは (会社法第785条)

これは、株式交換に反対する株主が、保有する株式を「公正な価格」で会社に買い取ってもらうことを請求できる権利です。
手続きの概要
事前通知: 株式交換を承認する株主総会の前に、会社に対して株式交換に反対する旨を通知します。
総会での反対: 株主総会で、株式交換の議案に反対票を投じます。
買取請求: 株式交換の効力発生日の20日前から前日までの間に、会社に対して正式に株式の買取を請求します。
会社と株主との間で「公正な価格」について協議がまとまらない場合は、最終的に裁判所に価格決定の申立てを行い、裁判所が価格を決定します。
裁判所は、「比率に不満なら、この株式買取請求権を使って公正な価格で株式を売却して会社から退出できるので、会社全体の経営判断である株式交換そのものを止める必要はない」と考える傾向が強いのです。

3. その他の対抗手段

事前差止や株式買取請求権の行使が難しい場合でも、以下のような対抗手段が考えられます。
株式交換無効の訴え (会社法第828条): 株式交換の効力発生後に、その無効を訴えるものです。ただし、これも手続きに重大な瑕疵があるなど、極めて限定的な場合にしか認められず、単なる交換比率の不当性を理由に無効とすることは、事前差止以上に困難です。
取締役に対する責任追及 (損害賠償請求): 著しく不当な比率で株式交換を承認した取締役に対し、その任務懈怠責任（善管注意義務違反）を問い、会社に生じた損害を賠償するよう求める訴訟（株主代表訴訟など）を起こすことも考えられます。

まとめ

対抗手段	可能性・現実性	ポイント
事前差止請求	極めて低い	「著しく不当」という非常に高いハードルがある。他の救済手段の存在が壁となる。
株式買取請求権	最も現実的かつ一般的な手段	不満を持つ株主の最も効果的な権利行使の方法。裁判所による「公正な価格」の決定も期待できる。
無効の訴え	極めて低い	効力発生後の救済手段だが、ハードルは事前差止以上に高い。
取締役への責任追及	ケースによる	比率決定の過程で取締役の悪意や重過失が証明できれば可能性はあるが、間接的な救済手段。